Cùng với sự chấm dứt Chiến tranh lạnh, công việc nghiên cứu tập trung vào máy bay dân sự dưới tốc độ âm thanh, chủ yếu là mức độ kinh tế trong vận hành và các loại nhiên liệu thay thế. Những phát triển gồm fly-by-wire, động cơ turbin cánh quạt phản lực có lỗ phun phụ hiệu suất cao hơn và hình dạng khí động học tiên tiến hơn đáp ứng yêu cầu máy bay vận chuyển thế kỷ 21 như loại Tu-204/Tu-214, Tu-330 và Tu-334.

Những dự án hiện nay của Tupolev:

• phát triển thêm dòng Tu-204/214 và TU-334
• phát triển máy bay vận tải Tu-330, máy bay tầm ngắn (regional) Tu-324
• nghiên cứu những khía cạnh ứng dụng của máy bay dùng nhiên liệu thay thế
• hiện đại hóa Hàng không hải quân và Không quân Nga